Манастир се налази се у селу Рутоши, и граничи се са селима Сеништа и Радоиња. О самој цркви на левој обали Увца,
њеном ктитору и времену настанка мало се зна. На основу архитектуре и црквеног мобилијара, претпоставља се да је настала
вероватно средином или крајем 15. века, а да је страдала крајем 17. века. У оквиру истраживања је у једнобродној грађевини,
основе 9,30 метара са 6 метара, испод Јањине стене, пронађена часна трпеза од мермера састављена из три елемента, делови
свећњака и полијелеја, фрагменти керамичких посуда, док су на зидовима у доњим зонама откривени остаци фресака. Обнова манастира
Јања почиње 2008. године. На Богојављење 2011. године, подигнути су и освештани крстови манастирског храма, након чега се
започело са извођењем завршних радова на фасади храма и уређењу ентеријера. Иконостас и полијелеј је осликао иконописац и
фрескописац Иван Ковалчик Милешевац. Манастиру је након 400 година, враћен првобитни изглед 2012. године, када је освећен.