Manastir se nalazi na obroncima planine Kozjak, na levoj obali reke Pčinje,  30 km južno od Vranja. Prema predanju, podigao
ga je u 11. veku vizantijski car Roman Diogen u znak zahvalnosti Svetom Prohoru Pčinjskom Mirotočivom, koji mu je prorekao
da će postati car. Manastir je razoren više puta, a najveću štetu pretrpeo je 1371. godine od strane Turaka, koji su ga gotovo
sravnili sa zemljom. Obnovio ga je srpski kralj Milutin, angažujuci svoje dvorske  slikare Mihajla i Astrapu. Posle oslobođenja
Srbije od Turaka izgrađena je velelepna manastirska crkva, kakva je danas. Nova crkva manastira Svetog Prohora, sa šest kupola
i zvonikom su sagrađeni 1898. godine, a opasavali su je ostaci zidova starog hrama. Stari deo crkve manastira Svetog
Prohora Pčinjskog, odnosno njen severo-zapadni deo ima orijentalnu apsidu. Relikvije Svetog Prohora se čuvaju u ovom
delu manastira, što mu daje posebnu kulturnu i duhovnu vrednost. Za manastir još od vremena Svetog Save, vezano je manastirsko
lečiliste, bolnica i škola.Manastir radi kao kulturno-prosvetni centar ovog kraja i u njemu radi bogoslovska škola,
prepisivačko-iluminatorska radionica, a organizovano se uči ikonopisački zanat.